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Accueil > Équipes de recherche > Molécules fluorées et peptides d’intérêt thérapeutique - FLUOPEPIT > Modélisation moléculaire

Modélisation moléculaire

L’objectif de l’équipe « modélisation moléculaire » est de soutenir la conception rationnelle de nouveaux composés ciblant des molécules et des complexes biologiques, en utilisant diverses techniques récentes, incluant les calculs quantiques moléculaires, des simulations dynamiques moléculaires « tout atome », et la modélisation "gros grain".

 Étude de la réactivité chimique par calculs quantiques

  • Cycloadditions 1,3 dipolaire à l’aide de la théorie des orbitales frontières. Collaboration avec B. Crousse et T. Milcent (BioCIS).
  • Réaction d’addition sur les carbonyl/imines. Collaboration avec D. Joseph et F. Lebideau (BioCIS).
  • Réaction de substitution électrophile, métallation des heterocycles. Collaboration avec L. Ferrié et B. Figadère (BioCIS).

 Dynamique moléculaire tout-atome de la conformation des protéines et modélisation de leur association avec des ligands

  • Étude de la protéine bactérienne FtsZ : Simulations par dynamique moléculaire de la conformation du monomère et du dimère de FtsZ. Amarrage moléculaire de petits peptides inhibant sa polymérisation. Collaboration avec N. Basdevant (University Evry) and P. Savarin (University Paris XIII).
  • Modélisation par homologie de la protéine a-sarcoglycane impliquée dans les sarcoglycanophaties, un groupe de maladies génétiques neuromusculaires de transmission autosomique récessive. Collaboration avec F. Leroys, I. Richard (Genethon) and N. Basdevant (University Evry).
  • Dynamique moléculaire avec échange de répliques de peptides amyloïdes associés à des maladies neurodégénératives. Conception in silico de ligands peptidomimétiques inhibant leur polymerization. Collaboration with S. Ongeri (BioCIS).
  • Modélisation par homologie de la guanosine-diphospho-D-mannose pyrophosphorylase chez Leishmania. Conception in silico de nouvelles molécules anti-leishmaniennes. Collaboration with S. Pomel, C. Cavé and P. Loiseau (BioCIS).

 Modélisation gros grain des assemblages de biomolécules

  • Développement de modèles gros grain de protéines en solution pour l’étude de leurs interactions et de leurs auto-assemblages. Collaboration avec N.
    Basdevant (University Evry) and D. Borgis (ENS).
  • Étude par docking protéine-protéine et dynamique moléculaire “gros grain” de l’interaction du récepteur CXCR7 sur la voie de signalisation CXCR4/CXCL12.
    Collaboration avec F. Bachelerie (UMR 996).